有機堆肥的發(fā)酵過(guò)程實(shí)際上就是各種微生物新陳代謝、繁殖的過(guò)程，而有機肥發(fā)酵的過(guò)程可詳細分為四個(gè)階段。 （1）發(fā)熱階段：
　　堆肥制作初期，堆肥中的微生物以中溫、好氣性的種類(lèi)為主，最常見(jiàn)的是無(wú)芽孢細菌、芽孢細菌和霉菌。它們啟動(dòng)堆肥的發(fā)酵過(guò)程，在好氣性條件下旺盛分解易分解有機物質(zhì)（如簡(jiǎn)單糖類(lèi)、淀粉、蛋白質(zhì)等），產(chǎn)生大量的熱，不斷提高堆肥溫度，從20℃左右上升至40℃，稱(chēng)為發(fā)熱階段，或中溫階段。
（2）高溫階段：
　　隨著(zhù)溫度的提高，好熱性的微生物逐漸取代中溫性的種類(lèi)而起主導作用，溫度持續上升，一般在幾天之內即達50℃以上，進(jìn)入高溫階段。在高溫階段，好熱放線(xiàn)菌和好熱真菌成為主要種類(lèi)。它們對堆肥中復雜的有機物質(zhì)（如纖維素、半纖維素、果膠物質(zhì)等）進(jìn)行強烈分解，熱量積累，堆肥溫度上升至60-70℃，甚至可高達80℃.隨即大多數好熱性微生物也大量死亡或進(jìn)入休眠狀態(tài)（20d以上），這對加快堆肥的腐熟有很重要的作用。堆肥不當的堆肥，只有很短的高溫期，或者根本達不到高溫，因而腐熟很慢，在半年或者更長(cháng)時(shí)期內還達不到半腐熟狀態(tài)。 （3）降溫階段：
　　當高溫階段持續一定時(shí)間后，纖維素、半纖維素、果膠物質(zhì)大部分已被分解，剩下很難分解的復雜成分（如木質(zhì)素）和新形成的腐殖質(zhì)，微生物的活動(dòng)減弱，溫度逐漸下降。當溫度下降到40℃以下時(shí)，中溫性微生物又成為優(yōu)勢種類(lèi)。（ 如果降溫階段來(lái)的早，表明堆制條件不夠理想，植物性物質(zhì)分解不充分。這時(shí)可以翻堆，將堆積材料拌勻，使之產(chǎn)生第二次發(fā)熱、升溫，以促進(jìn)堆肥的腐熟。）
（4）腐熟保肥階段：
　　堆肥腐熟后，體積縮小，堆溫下降至稍高于氣溫，這時(shí)應將堆肥壓緊，造成厭氣狀態(tài)，使有機質(zhì)礦化作用減弱，以利于保肥。
　　堆肥制作過(guò)程中，必要時(shí)應進(jìn)行翻堆。一般在堆溫越過(guò)高峰開(kāi)始降溫時(shí)進(jìn)行，翻堆可以使內層外層分解溫度不同的物質(zhì)重新混合均勻，如濕度不足可補加一些水，促進(jìn)堆肥均勻腐熟。
　　堆肥過(guò)程中的各種生物、微生物的死亡、更替及物質(zhì)形態(tài)轉化都是同時(shí)進(jìn)行的，上述分塊介紹是從不同角度對堆肥發(fā)酵原理進(jìn)行了簡(jiǎn)單介紹，無(wú)論是從熱力學(xué)、生物學(xué)還是物質(zhì)轉化角度，這些反應都不是幾天或十幾天這么短時(shí)間能夠完成的，這也是為什么即使各種溫度、濕度、水分、微生物等條件都控制的很好的前提下，堆肥仍要經(jīng)歷45-60天時(shí)間的原因。